SNP讲演稿

2022-07-18 01:00:24 第一文档网 [ 字体：小中大 ] [

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讲演稿,SNP

一、优势：DNA分子标记是建立在DNA序列多态性基础之上的，它是基因的直接反应。与经典的遗传标记相比，DNA标记具有显著的优越性：（1）极大的丰富性。从理论上讲，DNA水平的遗传多态性表现为核苷酸序列的任何差异，哪怕是单个核苷酸的差异，因而DNA标记的数量几乎是无限的。（2）部分DNA标记是共显性的，很容易区分杂合体和纯合体，提高更为完整的信息，有利于隐性基因的选择。（3）选择中性，不受环境条件的影响，没有组织或器官的特异性，不受个体发育阶段的影响。（4）随着技术是日臻完善，很多分子标记都可实现高通量，自动化分析。因而DNA分子标记技术一出现就引起了遗传学家的极大兴趣，在遗传学和育种学的各个领域内都得到了广泛的应用。二、分类：DNA分子标记有RFLP、RAPD、SSR、SRAP、AFLP、CAPS、SNP、RGA等。

以Southern杂交为基础的分子标记主要有限制性片段长度多态性（RFLP，restriction fragment length polymorphism）。以PCR为基础的分子标记包括随机引物的PCR标记和特异性引物的PCR标记。随机引物标记有随机扩增多态性DNA(RAPD，random amplified polymorphic DNA)；DNA扩增指纹(DAF，DNA amplified fingerprinting)；相关序列扩增多态性(SRAP, Sequence related amplified polymorphism)；简单序列重复间扩增（ISSR，inter-simple sequence repeats polymorphism）。特异引物的标记有简单序列重复（SSR，simple sequence repeat）；序列特异性扩增区(SCAR, sequence characterized amplified region)；序列标记位点(STS，sequence tagged site)；抗病基因类似物(RGA, resistance gene analogs)。基于PCR技术和限制性酶切技术相结合的标记有扩增片段长度多态性（AFLP，amplified fragment length polymorphism）；切割扩增的多态性序列（CAPS, cleaved amplified polymorphic sequences）或者dCAPS （derived cleaved amplified polymorphic sequences）标记。随着技术的发展，基于单个核苷酸多态性的标记（SNP, single nucleotide polymorphism）越来越受到人们的重视，被称为第四代分子标记。也可以两种标记组合应用，如RGA-CAPS、RGA-SNP。在分子标记辅助育种方面，常用的标记如下：

基于片段长度不同的标记如SSR，基于限制性内切酶的标记如RFLP、AFLP、CAPS以及基于短多态序列的标记如SCAR和DALP

、SNP简介 7）SNP

单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组水平上由于单个核苷酸变异所引起的 DNA序列多态性。位于基因组内的SNP可以分为2种形式:一是基因编码区的突变 ,主要分布于基因编码区内(coding region) ,故又称其为cSNP;二是遍布于基因组非编码区的大量单碱基变异 ,又分为基因周边SNP (peripheral SNP, pSNP)及基因间SNP ( intronic SNP, iSNP) .研究表明基因周边SNP频率比基因编码区SNP频率高。从对生物遗传性状的影响上来看，cSNP又可分为2种:一种是同

义 cSNP ( Synonymous cSNP ) ,即 SNP所致的编码序列的改变并不影响其所翻译的蛋白质的氨基酸序列 ,突变碱基与未突变碱基的含义相同;另一种是非同义 cSNP ( non - synonymous cSNP) ,指碱基序列的改变可使以其为蓝本翻译的蛋白质序列发生改变 ,从而影响蛋白质的功能.这种由单核苷酸差异引起的遗传多样性特征可以作为一种分子标记 ,即 SNP标记.

SNP标记技术，主要包括两个方面及SNP位点的发现和SNP分型。目前，可采用几种不同的路线来发现SNPs，包括直接对PCR产物进行测序、用鸟枪法从基因组文库以及EST文库筛选序列等(Rafalski, 2002a b)技术来筛选或检测SNPs。就生物技术木身的发展而言，当今在许多实验室都拥有多种分子标记技术，然而检测大多数分子标记的方法如RFLP, RAPD, AFLP, SSR等都要依赖DNA片段在琼脂糖胶或聚丙烯酞胺胶上的电泳分离。采用对DNA片段的直接测序方法来寻找SNPs，这也是发现SNP最直接和最常用的方法。通常从待测定的基因或ESTs提供的序列设计引物，扩增出目的片段，对扩增产物进行双链测序。然后，还要对所得序列进行排序并仔细鉴别真正的多态性和由于测序误差而产生的差异。也可以通过生物信息学相关软件查找预测SNP。

有关SNPs检测的方法近年来层出不穷(Syvanen,2001)。大致可将SNP的检测方法分成三大类:(1)一类是以荧光共振能量传递为基础的检测方法，简单的说就是以定量PCR为基础的，应用这一类方法时需要我们对突变位点或是多态性位点的背景很清楚，针对特定的突变位点或多态性位点设计并合成序列/位点特异性探针。(2)第二类是以分子杂交技术为基础的检测方法，如寡核营酸连接分析(OLA)和动态等位基因特异性杂交(DASH )，这几种方法也均涉及到序列特异性探针。(3)第三类是基于PCR技术与其他方法相结合的检测方法，如变性一高效液相层析(DHPLC)、单链构象多态性(SSCP)、密度梯度凝胶电泳(DGGE )、切割扩增多态序列(CAPS)这几种方法在PCR扩增的基础上对产物过柱分析，或电泳分析，无需合成序列特异性探针。

由于SNP标记呈具有共显性，能获得的标记数量多，易于实现高通量，所以其已经逐步的应用于不同的植物中(Rajeev K et al. 2007; Varshney et al. 2007; Lee et al. 2009)。

人类基因中最常见的便是单碱基差异，即单核苷酸多态性。

据估计DNA中每300-100bp就已一个SNP,因此一个人类个体大约携带300万-1000万个SNPs.SNP在基因组中大量存在、分布广泛，是鉴定诸如肿瘤、糖尿病、、精神病等人人类疾病的重要指标。SNP是研究致病基因的有效方法 SNP是基因组中最简单、最常见的多态性形式，具有很高的遗传稳定性。

分子标记被认为是最为有效的遗传标记，对柳枝稷EST-SSR分子标记开发，可为柳枝稷种质资源鉴定，遗传多样性研究，遗传图谱构建，分子标记辅助育种提供技术支撑。

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